La presencia de cáscaras proporciona una potente barrera protectora contra la infección tanto por hongos como por bacterias. Aparte de las posibles infecciones por fúngicas de los propios árboles, los frutos en nuez son esencialmente estériles antes de la recolección.
Los estudios sobre los frutos en nuez secos no han proporcionado información definitiva acerca del momento de su infección por hongos. La alteración de los frutos en nuez suele presentarse después de la lluvia excesiva entorno al momento de cosecharlos, lo que puede producir grietas en las cáscaras, y por es vía permite que los hongos produzcan daño en la pulpa de los frutos en nuez. La alteración generalmente se observa como una decoloración del fruto. También, estos, al ser almacenados, son muy sensibles a la alteración, porque la presencia de niveles de bajos carbohidratos solubles y niveles elevados de lípidos significa que los aumentos ligeros del contenido de humedad ocasionan aumentos bruscos de la aw (actividad del agua). Estos aumentos pueden ser debidos al desplazamiento de la humedad causado por temperaturas de almacenaje irregulares, tal como sucede en las instalaciones de almacenaje mal aisladas o en los contenedores de transporte. El almacenaje refrigerado se utiliza mucho para retardar el desarrollo de rancidez en los frutos en nuez almacenados; si no se realiza una deshumidificación eficaz, durante el almacenaje se pueden producir aumentos del contenido de humedad. Algunos hongos de la alteración crecen mal a temperatura baja; sin embargo, el retorno de los frutos en nuez a la temperatura ambiental para el transporte puede dar como resultado la alteración rápida. Los aumentos ligeros en el contenido de humedad permitirán el crecimiento de Eurotium spp. El envío de frutos en nuez en contenedores a través de los trópicos es un peligro especial, ya que en las cubiertas o cerca de los motores, puede elevarse el nivel de humedad suficiente para ocasionar una alteración esporádica o incluso la pérdida total. En estas condiciones se han observado, casos de crecimiento de Asp. Flavus acompañado de la producción de Aflatoxina.
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